到目前為止，全球已出現(xiàn)了多種多樣的FSC森林認證體系，在不同的體系下其認證的程序也不完全一樣，但主要步驟是相同的，即申請、檢查(或審計)、做出決定和頒發(fā)證書。森林經(jīng)營單位在申請FSC森林認證之前要進行自我評估，為正式認證做準備。這些工作做好以后，森林經(jīng)營單位就可以正式申請認證。通常情況下，F(xiàn)SC森林認證是按照一定的流程圖進行的，在各個環(huán)節(jié)，認證機構和森林經(jīng)營者都承擔著相應的責任。

申請FSC森林認證前的自我評估：
　　步：評估FSC森林認證的必要性。森林經(jīng)營單位應確認本單位是否有開展認證的必要，即認證將為企業(yè)經(jīng)營帶來收益，諸如認證將提高產(chǎn)品的市場競爭力，認證的收益將超過認證成本等等。
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　　第二步：選擇合適的認證證書和認證機構。森林經(jīng)營單位應根據(jù)消費者或市場對某種認證證書的需求，決定選擇哪種認證體系。
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第三步：開展內(nèi)部評估。森林經(jīng)營單位在正式認證之前，應進行內(nèi)部的初步評估，包括對認證標準的選擇，本地條件下標準的解釋，運用標準對企業(yè)經(jīng)營活動進行評估，以確定本單位符合認證要求的程度。
　　第四步：改進和完善森林經(jīng)營管理以實現(xiàn)森林的良好經(jīng)營。在內(nèi)部評估之后，森林經(jīng)營單位應對森林經(jīng)營中存在的不足加以改進，例如制定明確的經(jīng)營目標，采取切實可行的實施步驟。

涉及FSC(COC)認證的組織與培訓需委任一個管代，他有權并負責確保COC體系的執(zhí)行和維護。所有執(zhí)行與此認證項目有關的工作人員須在適當教育、培訓、實踐的基礎上獲得工作的資格。員工培訓，實踐記錄須在適當?shù)牟僮鞣秶鷥?nèi)加以維護。接受審核的企業(yè)有采購材料的程序文件，以使材料來源比較容易識別。企業(yè)須保持特定來源、裝運、提單或其他類別標識產(chǎn)品的程序文件。每批/個產(chǎn)品須有的標識記錄。