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ChIRP-seq整體服務(wù)
發(fā)布時間:2017-09-13 09:25:24 | 瀏覽次數(shù)：

項目簡介：
ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification) [1]是一種同時分析lncRNA/circRNA[2] 、蛋白及DNA三者互作關(guān)系的實驗方法。利用ChIRP-seq技術(shù)可用于在全基因范圍內(nèi)定位lncRNA/circRNA的結(jié)合位點和可能結(jié)合的其他RNA分子,是揭示位于細(xì)胞核內(nèi)lncRNA/circRNA 生物學(xué)機(jī)制的關(guān)鍵實驗手段。
表觀生物結(jié)合自身團(tuán)隊技術(shù)優(yōu)勢，為生物醫(yī)學(xué)研究提供整體的ChIRP-seq技術(shù)服務(wù)，推動lncRNA/circRNA研究領(lǐng)域的發(fā)展。

項目流程：
ChIRP-seq流程包括ChIRP探針設(shè)計合成、lncRNA復(fù)合物交聯(lián)、超聲打斷、探針雜交、DNA回收純化、測序分析。


圖1. ChRIP實驗流程圖
ChIRP-seq實驗分組：
1、IP組：目標(biāo)lncRNA/circRNA Odd組和Even組（即實驗組，用于鑒定lncRNA/circRNA作用基因組位置）
2、lacZ組：外參對照組，證明ChIRP探針的特異性；
3、Input組：捕獲前分離提取的基因組DNA，作為內(nèi)參對照組，證明探針特異性；
4、Positive組：陽性對照組，通過已知驗證有效的探針，通過WB檢測已知結(jié)合蛋白質(zhì)，證明整個ChIRP實驗體系的有效性；
5、目標(biāo)lncRNA/circRNA qPCR：證明ChIRP探針對目標(biāo)lncRNA的正確結(jié)合及有效捕獲。

樣本要求：
細(xì)胞數(shù)量：細(xì)胞數(shù)量需要達(dá)到108個；提供活細(xì)胞或者提前做好交聯(lián)處理的細(xì)胞樣本。

生物信息分析：
1. 去接頭污染，去低質(zhì)量reads和測序質(zhì)量評估
2. ChIRP測序序列與參考基因組序列的比對
3. ChIRP測序reads在全基因組的分布
4. Odd探針組與Even探針組Common Peaks合并分析
5. Common Peaks鑒定及基因原件分析
6. Common Peaks相關(guān)基因篩選與GO功能聚類分析、Pathway分析
7. Common Peaks 可視化
8. Common Peaks Motif分析

實驗周期：
60個工作日。

公司提供：
實驗報告（材料、試劑、儀器、方法、數(shù)據(jù)分析、實驗結(jié)果）。

其他注意事項：
1、目標(biāo)lncRNA/circRNA的表達(dá)豐度：CT值好在23以內(nèi)（ACTB 16-17/GAPDH 18 ）；
2、如果目標(biāo)lncRNA/circRNA表達(dá)豐度較低，需要進(jìn)行過表達(dá)以確保ChIRP成功；
3、實驗前需要確定目標(biāo)lncRNA/circRNA定位于細(xì)胞核內(nèi)發(fā)揮功能。

參考文獻(xiàn)：
[1] Chu C, Qu K, Zhong F L, et al. Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions[J]. Molecular cell, 2011, 44(4): 667-678.
[2] Li Z, Huang C, Bao C, et al. Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus[J]. Nature structural & molecular biology, 2015, 22(3): 256-264.

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